凡有我國來源所得之個人，應就其我國來源之所得，依所得稅法規定，課徵綜合所得稅。
「所得稅法」稱我國境內居住之個人（居住者），指下列兩種：
· 在我國境內有住所，並經常居住我國境內者。
· 在我國境內無住所，而於一課稅年度內在我國境內居留合計滿183天者。
居住者應於次年度5月1日到5月31日辦理綜合所得稅結算申報，並應將其配偶及扶養親屬之所得、免稅額及扣除額合併申報。
免稅額
納稅義務人按規定減除其本人、配偶及合於規定扶養親屬之免稅額；納稅義務人本人、配偶及受扶養直系尊親屬年滿70歲者，免稅額增加50%。2009年度每人免稅額新臺幣（以下同）82,000元，納稅義務人、配偶及受其扶養直系尊親屬年滿70歲者，免稅額為123,000元。
扣除額
納稅義務人除得就標準扣除額或列舉扣除額擇一減除外，並可減除特別扣除額，下列為申報2009年度綜合所得稅時，適用之額度：（若列舉扣除額之各列報項目金額於法定限額內合計超過標準扣除額時，採用列舉扣除額對納稅義務人較有利）
標準扣除額：
納稅義務人單身者扣除76,000元；夫妻合併申報者扣除152,000元。
列舉扣除額：
· 捐贈：納稅義務人、配偶及受扶養親屬對於教育、文化、公益、慈善機構或團體之捐贈總額最高不超過綜合所得總額20%為限。但有關國防、勞軍之捐贈及對政府之捐獻，不受金額之限制。
· 保險費：納稅義務人、配偶或受扶養直系親屬之人身保險、勞工保險、國民年金保險及軍、公、教保險之保險費，每人每年扣除數額以不超過24,000元為限。但全民健康保險之保險費不受金額限制。
· 醫藥及生育費：納稅義務人、配偶或受扶養親屬之醫藥費及生育費，以給付予公立醫院、全民健康保險特約醫療院、所，或經財政部認定其會計紀錄完備正確之醫院者為限。但受有保險給付部分，不得扣除。
· 災害損失：納稅義務人、配偶或受扶養親屬遭受不可抗力之災害損失。但受有保險賠償或救濟金部分，不得扣除。
· 購屋借款利息：納稅義務人、配偶及受扶養親屬購買自用住宅，向金融機構借款所支付之利息，其每一申報戶每年扣除數額以300,000元為限；但申報有儲蓄投資特別扣除額者，其申報之儲蓄投資特別扣除金額，應在上項購屋借款利息中減除。納稅義務人扣除購屋借款利息者，以一屋為限。
· 房屋租金支出：納稅義務人、配偶及受扶養直系親屬在中華民國境內租屋供自住且非供營業或執行業務使用者，其所支付之租金，每一申報戶每年扣除數額以120,000元為限。但申報有購屋借款利息者，不得扣除。
特別扣除額：
· 財產交易損失：納稅義務人、配偶及受扶養親屬財產交易損失，其每年度扣除額，以不超過當年度申報之財產交易之所得為限；當年度無財產交易所得可資扣除，或扣除不足者，得以以後三年度之財產交易所得扣除之。
· 薪資所得特別扣除：納稅義務人、配偶或受扶養親屬之薪資所得，2009年度每人每年扣除數額以104,000元為限。
· 儲蓄投資特別扣除額：納稅義務人、配偶及受扶養親屬於金融機構的存款利息、儲蓄性質信託資金的收益及87年12月31日以前取得公司公開發行並上市的緩課記名股票，於轉讓、贈與或作為遺產分配、放棄適用緩課規定或送存集保公司時的股利，合計全年扣除數額以27萬元為限。但依郵政儲金匯兌法規定免稅的存簿儲金利息及依規定分離課稅的利息不包括在內。
· 身心障礙特別扣除額：納稅義務人、配偶或受扶養親屬為領有身心障礙手冊或身心障礙證明者，及精神衛生法第3條第4款規定的病人，2009年度每人可扣除104,000元。
· 教育學費特別扣除：納稅義務人就讀大專以上院校之子女之教育學費每人每年扣除數額以25,000元為限。但空中大學、專校及五專前三年及已接受政府補助者，不得扣除。
稅率
綜合所得稅之稅率係採超額累進稅率，９８年度稅率結構如下：
９８年度以前： | ||
級距（新台幣元） | 稅率 | 累進差額（新台幣元） |
0 – 410,000 | 6% | 0 |
410,001 – 1,090,000 | 13% | 28,700 |
1,090,001– 2,180,000 | 21% | 115,900 |
2,180,001 – 4,090,000 | 30% | 312,100 |
4,090,001以上 | 40% | 721,100 |
非居住者課稅方式
個人在我國境內無住所，而於一課稅年度內在我國境內居留合計未滿183天者，係為非居住者。非居住者取得屬扣繳範圍之所得，係以就源扣繳方式履行納稅義務，就源扣繳不能列報前述免稅額及扣除額。至非居住者如有非屬扣繳範圍之所得，則應依規定稅率申報納稅。
若外籍人員於一課稅年度內在我國境內居留天數合計不超過90天者（外籍人員居住國家與我國訂有租稅協定者，一般可延長至183天），其自我國境外雇主所取得之勞務報酬，可不視為我國來源所得。
最低稅負制於2006年1月1日起開始實施，個人若係非中華民國居住者、未享受投資抵減且無應加計之各項減免稅項目，不必申報繳納最低稅負。個人之基本稅額申報以一戶為單位，計算如下：
基本稅額＝【﹝個人、合併申報綜合所得稅之配偶及受扶養親屬依所得稅法規定計算之綜合所得淨額＋個人、合併申報綜合所得稅之配偶及受扶養親屬依「所得基本稅額條例」第12條第1項規定加計之各項減免稅項目﹞－600萬元】× 20%
依據上開計算之基本稅額，超過依所得稅法計算之應納稅額減除依其他法律規定之投資抵減稅額後之餘額時，需就其差額再繳納所得稅，且繳納之差額不能減除投資抵減稅額。
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