營利事業辦理決、清算申報，若有短漏報所得額者，亦有依所得稅法第110條處罰之規定。

　　依98年5月27日修正公布所得稅法第110條規定：納稅義務人已（未）依本法規定辦理結算申報、決算或清算申報，而對依本法規定應申報課稅之所得額有漏報或短報情事者，處以所漏稅額二（三）倍以下之罰鍰。故修正前決、清算短漏報所得額無處罰規定已不適用。 依修正後所得稅法第71條及75條規定：獨資、合夥組織之營利事業於辦理結算及決、清算申報時，無須計算及繳納其應納稅額，其營利事業所得額，應由獨資資本主或合夥組織合夥人列為營利所得，課徵綜合所得稅。上該組織營利事業千萬別以為無須繳納營利事業所得稅就無漏稅額，其短漏報所得依修正後所得稅法第110條第4項規定仍有處罰之適用。
　　但，營利事業於98年5月29日前辦理決算或清算申報而有漏報或短報情事者，應不予處罰。所得稅法第110條已於98年5月27日修正公布，並自同年月29日生效。本次修正為避免營利事業辦理決算或清算申報不實，影響稅收及納稅風氣，爰增列營利事業辦理決算及清算申報不實亦應予處罰之規定。因此，營利事業在98年5月29日修正所得稅法施行前辦理決算或清算申報而有漏報或短報情事者，依行政罰法第4條規定，本於「處罰法定主義」，應依行為時之法律即修正前所得稅法第110條及財政部89年5月9日台財稅第0890450921號函釋有關「短漏報決清算申報者補稅不罰」規定，不予處罰。